長崎県は自衛隊施設数が北海道に次いで２番目という多さで、陸海空の３自衛隊が常駐している。海上自衛隊の守備範囲は下関から西方・南方の九州・沖縄の広大な海域である。インド洋への自衛艦戦時派遣も佐世保基地からが最多となった。また護衛艦に搭載されるヘリコプター部隊は大村の自衛隊基地から派遣されている。一方、長崎港の三菱長崎造船所では護衛艦の建造、修理が行われている。またイージス艦の「ミサイル防衛」対応型への改造工事も長崎港で行われ、佐世保の補完基地として機能している。