●元禄2年(1689)
4月29日−京都代官平野藤次郎が追放される。
7月−諸寺で送り火（大文字焼き）を焚く。

●元禄3年(1690)
5月14日−幕府が悲田院(ひでんいん)年寄に市中の巡察と巾着切りの逮捕を命じる。
9月−幕府が市中に定火消制度を定める。

●元禄4年(1691)
8月22日−幕府は伏見・堺・奈良各町奉行支配の農村を代官支配に改める。
11月12日−京都・京都の豪商灰屋紹益(しょうえき＝82）没。
この年、幕府が七条で鋳銭を行う（1693年まで鋳造）。

●元禄5年(1692)
5月26日−三条大橋が倒壊する。

●元禄6年(1693)
6月30日−京都町奉行が町人の手代・下人の奉公を10年切れとする。

●元禄7年(1694)
4月−応仁の乱以来中断していた上賀茂・下鴨両社の葵祭が再興される。

●元禄8年(1695)
4月−伏見に古道具仲間が許可される。

●元禄9年(1696)
1月−嵐山に渡月橋が完成する。
2月2日−幕府が伏見・堺両奉行を廃止し，それぞれ京都町奉行・大坂町奉行支配とする。
6月−幕府が金箔・銀箔の売買規則を定める。
8月5日−幕府が，飢饉により京都・伏見の3万4,000余戸に各米2斗2升余を3年の返済期限で貸与する。

●元禄10年(1697)
7月−江宮崎安貞の「農業全書」が，江戸と京都で刊行される。
12月2日−幕府が、江戸・京都・大坂・奈良・堺・長崎の朱座を勘定奉行支配とする。

●元禄11年(1698)
1月−中村七三郎作「傾城浅間嶽」が布袋屋座で大当たり、120日間の長期興行となる。
4月23日−幕府が若年寄米倉昌尹(まさただ)を京都・摂津の水路および東海道の巡察に派遣する。
7月−幕府が京都町奉行に上方代官を管掌させる。
11月15日−幕府が伏見奉行を再置する。
12月21日−幕府が伏見町振興のため伏見船200般の新造を許可する（翌年6月、100艘就航）。
この年、
銀座で元禄金銀の改鋳を始める。
鴨川に2,700ｍ余の堤防が築かれる。

●元禄12年(1699)
1月24日−坂田藤十郎が都万太夫座で近松門左衛門作「傾城仏の原」を演じて大当たりをとる。
2月−都町奉行が真鍮箔座を新設し，運上銀を納めさせる。
3月−尾形乾山が仁和寺領内に窯を築造する。
4月−幕府が歴代天皇陵の修理を終える。
12月−幕府が西陣167町5,232軒に大津蔵米3,000石を貸与する。

●元禄13年(1700)
2月13日−糸割符仲間が前年許可された新銭（寛永通宝）鋳造を始める。

●元禄14年(1701)
2月−京都町奉行が糸の買い置き・占め売りを禁じる。
幕府が西陣の業者に長崎地下商の売糸の直売を許可する。

●元禄15年(1702)
2月12日−土佐藩が質物の利息を米利息2割，銀利息1割5分と定める。
3月−都の錦の浮世草子「元禄太平記」が刊行される。
6月−京都町奉行が錺(かざり)師の触頭を置き，錺職人を統括させる。

●元禄16年(1703)
8月−京都町奉行が瓦師の触頭(ふれがしら)を，ついで9月に鍛冶屋・左 官・屋根職人の触頭を置いて各職人を統括させる。
12月15日−糸割符仲間が幕府の新銭鋳造停止の延期を嘆願する。