●元禄元年(1688)
幕府が清船の長崎来航を70艘に限る。

●元禄2年(1689)
4月−長崎の十善寺村に唐人屋敷が完成する。
6月9日−幕府が金銀の流失を防ぐため，長崎貿易の輸入品競売で高価な落札を禁じる。

●元禄3年(1690)
8月18日−ドイツ人ケンペルがオランダ商館の医師として来日する。嬉野・佐賀・田代を通る。
11月−園山善爾が長崎伊勢町，八幡町問に石橋を架ける（阿弥陀橋）。

●元禄4年(1691)
唐津藩主松平乗邑(のりむら)、志州鳥羽へ転じ、土井利益、鳥羽より唐津へ移る。

●元禄5年(1692)
肥筑境界の脊振山弁財岳について訴訟起こる。翌年、佐賀藩勝訴。

幕府が肥前平戸藩主松浦棟(たかし)に壱岐の神社調査を命じる。総数586社と判明する。

●元禄6年(1693)
10月12日−幕府が背振(せぶり)山の筑前・肥前国境を定める。

●元禄8年(1695)
8月29日−肥前・幕府が長崎貿易の定額超過分を銅支払いとする。

●元禄9年(1696)
佐賀城本丸門に時の太鼓、高本町願正寺(がんしょうじ)に時鐘を置き、時を知らせる。

●元禄10年(1697)
12月2日−幕府が、江戸・京都・大坂・奈良・堺・長崎の朱座を勘定奉行支配とする。
幕府が長崎の運上金を2万両に増額する。

●元禄11年(1698)
9月26日−幕府が長崎奉行諏訪頼蔭を部下の抜け荷の罪により免職・閉門とする。
幕府が長崎会所を設置する。

●元禄12年(1699)
6月28日−幕府が長崎奉行を4人に増員し，2人ずつ隔年赴任とする。

●元禄13年(1700)
幕府が長崎貿易を清の商船8隻，オランダ商船5隻に限定する。
10月6日−平戸藩主で茶の湯石州流鎮信派の松浦鎮信(ちんしん＝82）没。
佐賀城内の聖堂を西屋敷へ移し、鬼丸聖堂とする。
鍋島光茂没、山本常朝出家受戒。