申告の法定期限内に間違いに気づいた場合と、法定期限後に気づいた場合に分かれます。

1. 法定期限内の場合
1. 申告書用紙を提出した場合、訂正申告としてすべての帳票を再提出します。
2. 電子申告の場合、訂正後の内容ですべての帳票を送信します。後から提出したものが、提出した申告書等になり、先に送信したものは無効になります。用紙で提出した場合も同じです。
2. 申告期限が過ぎたのちの場合
1. 当初申告で過大になってしまった場合、還付税額が少なかった場合
   「更正の請求書」及び「事実を証明する書類」を提出します（これを「更正の請求」といいます。提出期限は、平成23年12月2日以後に法定申告期限が到来する場合は5年間（平成20年4月1日以後生じた青色欠損金等の更正期間は9年間）（法定申告期限の日の翌日から起算）です。
   なお、平成23年12月1日以前に申告期限が到来している分で更正の請求期間が過ぎたものにつきましては、増額更正できる期間（3年）内に「更正の申出書」を提出することにより還付が受けられる場合があります。これは取扱いなので、申出とおりに更正がなされなくても、不服申立てはできません。なぜなら、これは従前、実務慣行として行われてきた「嘆願」という更正の求めを明確したものだからです。
• 欠損金が過少になってしまった場合も更正の請求になります。
2. 当初申告が過少であった場合又は還付税額が過大であった場合
   修正申告書を提出します（電子申告でも同じです）。
• 自主修正の場合、過少申告加算税は免除されます。
• 調査を受けた後で修正申告をしたり、税務署から申告税額の更正を受けたりすると過少申告加算税がかかります。なお当初申告が期限後申告の場合、無申告加算税がかかる場合があります。
  過少申告加算税の金額は、新たに納付すべき税額10％相当額です。ただし、追加税額が当初の申告納税額と50万円とのいずれか多い金額を超えている場合、その超えている部分については15％になります。
• 欠損金が過大であった場合も修正申告を提出することになります。