●寛永2年(1625)
熊本地方で大地震が起こり、熊本城内の被害も大きく、焔硝倉が爆発する。

●寛永8年(1631)
11月−阿蘇山が噴火する。

●寛永9年(1632)
1月20日−肥後の浪人森本一房がアンコール・ワットを訪れ，仏像を奉納する。
6月1日−幕府が熊本藩主加藤忠広の入府を止め，52万石を没収する。
熊本藩主の加藤忠広が幕府への諜反の疑いで改易となり、出羽庄内へ流される。代わって、 豊前小倉より細川忠利が入り熊本藩主となる。

●寛永10年(1633)
5月−熊本藩が人畜改め帳を作成する。
細川氏による人畜(にんちく)改めが行われ、領内の地撫しが行われる。また、細川氏による地方 (じかた)支配の組織として手永(てなが)制度が実施される。

●寛永13年(1636)
夏−肥後国とその周辺で干ばつが続く。
7月−熊本藩が領内の男女質入れ・人身売買を禁止する法度を定める。

●寛永14年(1637)
8月−阿蘇山が大噴火する。
天草･島原の乱が起こり、天草四郎時貞を総大将として、農民たち三万八千人が島原の原城に立てこもる。
10月27日−天草の農民・キリシタンが島原の一揆に呼応して蜂起し，富岡城を攻める。
11月9日−幕府は島原の乱に対して板倉重昌を派遣し，諸大名に動員を命じる。

●寛永15年(1638)
2月−熊本藩兵二万八千六百人が島原に出陣し、原城が落城して一揆は鎮圧される。
秋−牛の疫病により久留米境から牛が死に始め、やがて全滅。

●寛永16年(1639)
備中国成羽藩主山崎家治、富岡へ入封。
宗門改めのため、各寺院に檀家名簿をつくり誓詞を出させ、キリシタンのいる地方では五人組の 中に一人ずつ加えて監督させる。
天正十三年から築城されていた人吉城が完成する。

●寛永17年(1640)
剣豪として知られる宮本武蔵が細川忠利に招かれ、熊本城下に移り住む。

●寛永18年(1641)
細川忠利が五十六歳で没し、光尚(みつなお)が二代藩主となる。
天草が幕府直轄領(天領)となり、初代天草代官として鈴木重成が任命される。

●寛永19年(1642)
5月16日−幕府が熊本藩に天草・島原地方への農民移住を命じる。 ●寛永20年(1643)
2月21日−阿部一族の反乱が起こり、鎮圧される。
宮本武蔵が『五輪書』を書きはじめる。