●万治2年(1659)
前代官の鈴木重成らの努力がみのり、天草の石高が半減し、二万一千石となる。

●寛文3年(1663)
6月29日−熊本藩主細川綱利が 領内でキリシタン３３名を逮捕した旨，長崎奉行が幕府に報告する。

●寛文4年(1664)
人吉の町人である林藤左衛門正盛が球磨川を開削し、舟運をひらく。
幕府、諸藩にキリシタン改めの強化を命じる。熊本藩で影踏(えふみ)がはじまる。

●寛文6年(1666)
熊本藩三代藩主綱利が弟の利重に三万五千石を分知し、新田(しんでん)支藩とする。

●寛文7年(1667)
熊本藩の藩儒である北島雪山が藩命をうけて『国郡一統志(こくぐんいっとうし)』の編纂にあたる。

●寛文8年(1668)
人吉藩主の相良頼喬(よりたか)が舟運のひらけた球磨川を参勤交代のためはじめて下る。

●寛文9年(1669)
8月11日−肥後・豊後・日向・豊前に台風が襲来し，各地に洪水を引きおこす。
北島雪山ら陽明学を信じる者、キリシタンの疑いのある藩士が暇を賜る。

●寛文11年(1671)
戸田忠昌が関東に国替えとなって富岡城を破棄し、天草はふたたび天領となり明治に至る。