CIA
アメリカ中央情報局のこと。美樹本がここの諜報員だった。
実在するCIAについては、元ネタ解説の組織（アメリカ合衆国）に記述。
SDECE
フランスの防諜・外国資料局のこと。OL三人娘の正体はここの諜報員である。だがこの組織は1982年にDGSE（対外保安総局）に改称されている。今作の具体的な年代は不明だが、ソ連崩壊の話があるので、少なくとも1991年よりは後となるため、今作に登場しているのは誤り。
実在したSDECEについては、元ネタ解説の組織（ヨーロッパ）に記述。
UZI
イスラエルで作られたサブマシンガン。香山がこれを持ち込んだため、真理は香山をモサドの諜報員だと考えた。
UZIの詳細については、元ネタ解説のサブマシンガンに記述。
かまいたち
この作品のタイトルであるかまいたちの夜はここから来ている。元々かまいたちとは妖怪の名前で、突然皮膚が切れるが痛みはないというかまいたち現象は、鎌のような爪を持ったイタチの姿をしているこの妖怪の仕業であると伝えられてきた。
ミステリー編でバラバラ死体が発見された時、美樹本がかまいたちのせいだというが、これは事件を得体の知れないものにすることで、余計な詮索をさせないようにしたかったために言ったことだと思われる。
スパイ編では旧ソ連の伝説的なスパイであるかまいたちというものが登場するが、それは小林ら上層部の人間が生み出した幻想であった。
また、恨みを込めて切った女の髪がかまいたちになったという話もあり、オカルト編で美雪に取り付かれた真理が、髪の毛で田中らを切り裂いたのはこの話から来ているのだろう。
Oの喜劇編では本物の妖怪かまいたちを目撃したり、鎌井達朗のあだ名がかまいたちだったりもする。
妖怪としての鎌鼬については、元ネタ解説の妖怪（日本）に記述。
自然現象としてのかまいたちについては、元ネタ解説の自然現象に記述。
幸せの箱
不思議のペンションの奥深くに眠る世界中の幸せが詰まっているという箱。だがその正体はオルゴールで、迷宮くんは美しい音楽に勝るものはないと言っている。
シュプール
小林夫妻が経営するペンションで、一連の事件の舞台となる場所。ログキャビン風の外観と白を基調とした内装のおしゃれなペンション。小林の料理の腕やサービスの良さから、スキー場から多少離れているにも関わらず雑誌などにも紹介され人気が出てきている。
シュプールのモデルとなったペンション「クヌルプ」については、元ネタ解説の建築物（日本）に記述。
しおりの場面にあるフクロウのマークは、クヌルプの玄関にあるエンブレムであり、作中に登場するミシシッピ・マッドケーキは、実際にペンションで出されている。
チュンソフ党
作中でとある条件を満たすと語られる組織。その実態は不明だが、かなり大きな組織のようである。
ハルシオン
ゴブリンが持っていた武器の一つ。名前の由来は同名の睡眠薬から。この剣は、斬りつけると眠らせる効果があると、ゴブリンは説明していた。が、実際には斬りつけた「自分」を眠らせる効果だったため……。
不幸せの箱
幸せの箱と全く同じ外見の、世界中の不幸せが詰まっている箱。間違えて開けてしまうと全てが無へと帰してしまう。なおデータが消えるなどと迷宮くんが言っているが、これははったりなのでその点は安心していい。
不思議のペンション
シュプールの地下から通じている地下27階にも及ぶ広大な迷宮。最下層にはしあわせの箱が眠っていると言われている。なおこの迷宮そのものが意思を持っている迷宮くんでもある。
これはチュンソフトの不思議のダンジョンシリーズのパロディである。
三船敏郎
日本映画界を代表する俳優で、黒澤明監督の時代劇に多く出演していた。
不思議のペンションの最下層にある「三」の扉を開けると出てきて、見事な袈裟切りで斬り殺されてしまう。
なお三船敏郎はSFC版の時点では存命であったが、PS版の時点では亡くなっているため、透の台詞が若干変化している。
モーニングムーン
ゴブリンが持っていた武器の一つ。モーニングスターの鉄球部分から、棘を取り除いてただの鉄球にしたもの。透は「弱くしてどうするんだ！」と突っ込んでいた。
モサド
イスラエル諜報特務庁のこと。香山夫妻はここの諜報員だと思われるが、実際のところどうだったのかは不明。 透はインド料理であるサモサと勘違いした。
実在するモサドについては、元ネタ解説の組織（中東）に記述。