| 1986年 | ○ 日本航空 東京―鹿児島線就航 就航 ○ 東京―小松線 就航 |
| 1987年 | ○ DC-8 引退 |
| 1988年 | ○ 東京―松山線 就航 |
| 1989年 | ○ 東京―宮古線 就航 （南西航空） |
| 1990年 | ○ ボーイング747-400 スカイクルーザー就航 ○ 東京―広島線 就航 |
| 1991年 | ○ 東京―熊本線 就航 |
| 1993年 | ○ 東京―大分線 就航 ○ 南西航空 社名変更 日本トランスオーシャン航空に ○ 東京―石垣線 就航 （日本トランスオーシャン航空） |
| 1994年 | ○ MD-11就航 ○ 特別塗装機 ドリームエクスプレス就航 ○ 関西国際空港開港 伊丹最終便と関空一番機は、JAL機 |
| 1998年 | ○ 新会社 JALエクスプレス誕生 |
| 2001年 | ○ 創立50周年記念 特別塗装機 ドリームエクスプレス２１就航 |
| 2002年 | ○ 日本サッカーチーム応援 特別塗装機 サポーターズ号就航 ○ 日本エアシステムと経営統合、一部の空港で、共通カウンター始動 |
| 2004年 | ○ 羽田第１ターミナル 専用ターミナルとしてオープン |
| 2005年 | ○ 中部国際空港開港 名古屋最終便と中部一番機は、ＪＡＬ機 |
| 2006年 | ○ 神戸空港開港 東京-神戸線就航 |
