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　立神港区は、戦前、旧海軍佐世保海軍工廠の一部として使用されていた。１９４５年には米陸軍が接収し、５５年に米海軍に移管された。５６年以降、海上自衛隊の佐世保造修所、佐世保補給所、民間の佐世保重工業（ＳＳＫ）が共同利用を開始する。その後、一部返還が行われ、ＳＳＫへ払い下げられた。

　インディア・ベイスン（立神係船池）内に岸壁は９つあり、総延長は１，７１０ｍにものぼる。そのうち第１～第６岸壁は地位協定第二条４項(a)によりＳＳＫが一時使用を認められている日米共同使用施設となっている。米軍に優先使用権があり、ＳＳＫは第４・第５岸壁の使用料として年間約５，０００万円の使用料を支払ってきた。

　また米軍はＳＳＫ敷地内にイーズメント（優先通行権）を持ち、ＳＳＫに隣接する赤崎貯油所まで自由に敷地内を往来している。

○衝突するＳＳＫと米軍

　９２年の強襲揚陸艦ベローウッド配備以降、ＳＳＫと米軍の間で岸壁使用をめぐる競合問題が激化し、現在ＳＳＫは第４・第５岸壁の一時使用のみが認められているに過ぎない。佐世保を母港とする７隻の米艦船は、立神港区に接岸され、その位置はほぼ固定されている。そのためにＳＳＫは米軍の都合で何度も追い立てにあい、船舶の移動に伴う曳船費用、動力設備費、遊休時間などで大きな損益を受けてきた。

　２０００年７月のエセックスとベローウッドの交代作業に伴い、米海軍は第４・第５岸壁を１カ月間明け渡すよう要求した。しかしＳＳＫは「操業に重大な影響を及ぼす」として要求を拒否して事態は紛糾したが最終的に期間を１４日間に短縮することで合意した。米海軍はこの艦船のみの交替で数億円を節約することになったが、ＳＳＫはこの期間中、延べ約８，０００人の社員が休業を余儀なくされたのである。

○「すみ分け」という名による基地強化

　０４年末、日本政府は米軍とＳＳＫとの「すみ分け」をはかるため、隣のジュリエット・ベイスンの一画を埋め立てて米軍専用岸壁を建設することを決定した。新岸壁は長さ５２０ｍ、埋め立て面積は実に５７，０００m²にのぼる。これに対して返還されるのは３号岸壁の大半（１４３ｍ）、４号岸壁（１９３ｍ）、５号岸壁の大半（１６９ｍ）の計５０５ｍ、その面積はわずか４，６００m²にすぎない。米海軍はここにズムウォルト級ミサイル駆逐艦の寄港に対処するために電力供給システム更新を米側予算で行う計画である。

　新岸壁は１０年１０月に米軍に提供された。埋め立て地には電力や通信設備も整備され、米軍にとって非常に使い勝手のよい岸壁となった。建造費は日本の「思いやり予算」約２１８億円。しかし、立神港区の計５０５ｍの岸壁の返還は３年半後の１４年２月だった。また立神岸壁に接する制限水域は返還対象となっていない。

　一方、この返還にあわせて、旧ジョスコー線（板付空港まで航空燃料を運んでいた旧米海軍専用鉄道敷用地）の一部、ＳＳＫ東門～西門まで（約１万５６００m²）が返還されることになった。ただし、米軍が直下に敷設した通信ケーブルの取り扱いは未定である。

○艦船支援施設は飛躍的強化

　立神港区には横須賀海軍艦船補給センター佐世保分遣隊が配備されており、保管倉庫や艦船修理施設が置かれている。

　新岸壁建設地とインディア・ベイスンの間に艦船複合支援施設（１期工事）が建設された。これは基地内に分散していた艦船整備・修理・運用などの古くて小さな施設を統合するもので、費用約６０億円もまた日本政府の「思いやり予算」でまかなわれた。

　これまで艦船修理廠佐世保分遣隊は、１９２０年代に建設された日本海軍時代の老朽化し、分散された施設を使用してきた。艦船支援に必要な部門が一ヶ所に集中することで生産性は飛躍的に高まることになる。しかも両側に艦船を着けることができる格好の位置に建設されたのである。

　規模は３階建（一部４階建：２万１７００m²）で訓練施設や教室、屋上駐車場（脇に傾斜路のついたランプ棟も）やウェットトレーナー施設を備えている。新しい建物には第１強襲揚陸部隊タスクフォース７６、艦船修理廠日本地域メンテナンスセンター佐世保分遣隊、洋上訓練部隊西太平洋分遣隊、太平洋艦隊技術支援センターなどが移動。２期工事分は、それに隣接する現在の艦隊体育館を取り壊して建設される。２期工事では総合兵站運用分遣隊用の倉庫や管理スペースや屋上駐車場が追加される予定。

○米軍の要求は着々と実現

　この間、配備艦船の増加に伴う倉庫不足のため９３年に第６岸壁の後背地（約１万３７００m²：１９７５年返還）が米軍に再提供された。９８年にも米軍は艦船修理器材の保管場所とするために、ＳＳＫが利用している赤崎貯油所の共同使用地の一部からの一時立ち退きを要求した。ＳＳＫは１９７２年以来、借り続けているもので、陸上鉄鋼製品の仮組立場として年間約１６００万円の使用料を払っている。この地での生産額が全体の１割を占める拠点であるため、ＳＳＫはその「代替地」として社有地（約３１００m²）を米軍に提供した。期間は当初０５年３月末までだったが、１０年３月末まで延長された。

　０６年７月、立神港区の第２・第３岸壁の後背地の一部を米軍に追加提供することが合意された。佐世保基地は、０１年の９・１１同時多発テロを契機に警備体制を強化し、その一環として、立神港区の岸壁後背地に保安柵を緊急設置した。ところがその結果、荷揚げ作業などに支障をきたすことになり、今度は第２・第３岸壁の保安柵を現在よりも陸地側に約１.２ｍだけ移設したいと言い出したのである。これによって保安柵は岸壁から約９ｍの位置となるが、そのために長さ３５３ｍ，幅１５cmのＳＳＫの土地約５３m²を追加提供することになったのである。

　その一方、日本政府は０１年に「思いやり予算」で新たな立神倉庫（２階建：延１９５１m²）を米軍に提供した。

　また海上自衛隊は立神港区の土地の一画に佐世保造修補給所を有している。また計４バースの２本の桟橋を所有し、米軍も利用できる現地協定が結ばれている。