６月２日、佐世保海自基地に青森県大湊基地から「護衛艦じんつう」が転入となりました。佐世保配備の護衛艦は護衛隊群所属が１０隻、護衛艦隊直属（第１３護衛隊）が４隻の、計１４隻で、前年から２隻減となっています。
震災の最中で報道されませんでしたが、３月１６日付で多くの護衛艦の入れ換え編成がありました。佐世保関連では、「次期防衛大綱で削減」とされていた第１６護衛隊が廃止されました。所属していた３隻の護衛艦のうち「おおよど」は第１５護衛隊（大湊）に、「とね」と「せんだい」は第１２護衛隊（呉）に転入されました。
また「まきなみ」が大湊に異動し、「あけぼの」が佐世保に異動となっています。
| 所 属 | 艦名 | 艦種 | 番号 | 排水量ｔ | 定員 | |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 第１護衛隊群 （横須賀） |
第１護衛隊 | しまかぜ | 護衛艦 | 172 | 4,650 | 260 |
| 第５護衛隊 | こんごう | イージス護衛艦 | 173 | 7,250 | 300 | |
| あけぼの | 護衛艦 | 108 | 4,550 | 170 | ||
| さわぎり | 護衛艦 | 157 | 3,550 | 220 | ||
| 第２護衛隊群 （佐世保） |
第２護衛隊 | くらま | 護衛艦 | 144 | 5,200 | 350 |
| あしがら | イージス護衛艦 | 178 | 7,750 | 300 | ||
| 第６護衛隊 | ちょうかい | イージス護衛艦 | 176 | 7,250 | 300 | |
| 第３護衛隊群 （舞鶴） |
第７護衛隊 | ゆうだち | 護衛艦 | 103 | 4,550 | 170 |
| きりさめ | 護衛艦 | 104 | 4,550 | 170 | ||
| ありあけ | 護衛艦 | 109 | 4,550 | 165 | ||
| 第13護衛隊 | いそゆき | 護衛艦 | 127 | 2,950 | 200 | |
| はるゆき | 護衛艦 | 128 | 2,950 | 200 | ||
| あさゆき | 護衛艦 | 132 | 3,050 | 200 | ||
| じんつう | 護衛艦 | 230 | 2,000 | 120 | ||
（2011年6月5日）
