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　戦前は、旧海軍佐世保海軍工廠が６つのドックを使用していた。１９４５年に米海軍が第１～４ドックを接収した。５５年に第４ドックが日本側に返還され、６０年以降ＳＳＫがドライドック地区の使用を認められるようになった。７６年には第１ドックが返還された。

　第３ドックは６８年に返還されたものの、地位協定第二条４項(b)による米軍とＳＳＫとの共同使用施設とされている。このときに米軍、日本政府、ＳＳＫの間で「米軍が７日前に通知すれば、第３ドックを優先的に無償で使用できる」という屈辱的な「返還使用協定」が締結された。

　９６年に米軍は強襲揚陸艦ベローウッド修理のために第３ドックの半年間もの明け渡しを要求してきた。ＳＳＫにとって第３ドックは修繕船部門工事の７割を占める中心施設である。半年間の明け渡しの影響は３６０億円の損害になることから徹底抗戦を行った。佐世保が「第２の沖縄化」になることを避けたい日本政府は石川島播磨の浮きドック「さがみ」を横浜から回航して修理することを提案した。米軍も世論の前に折れ、佐世保港入り口に近い野崎町沖合で修理を行なった（９６年１２月～９７年４月）。浮きドックの使用料、回航料しめて１８億円は日本政府の「思いやり予算」。屈辱的な協定の存在と米軍の殴り込み部隊に血税を注ぐ日本政府の屈辱的姿勢も浮き彫りとなった。
　その後、ベローウッドと交代配備となった強襲揚陸艦エセックスの定期修理に際しては第３ドックは使わずに、定係している第７・第８岸壁で行った。

　また第２ドックは７６年に米軍と海上自衛隊との共同使用施設（第二条4項(a)）となり、ＳＳＫの使用権は消滅している。この第２ドックでは他の揚陸艦や掃海艦の修理が行われている。