しかしながら，生物生産システム工学が対象とする自然界の現象は想像を絶する複雑さを示し，これらを全部解明することは当分望めそうもない．したがって対象システムの内容をできるだけ簡単なモデルに置き換えて解析・計画することが重要になってくる．

また，個々の細胞が何億何万と集まってできている生物体のように，単純なものでも種々組合せをもって多数結合すると驚異的な生命体となるように，数が多いことは質を変えるといわれる．とくに組合せ情報は天文学的数となり組合せの驚異といわれる．