戦前は、旧日本海軍が貯油施設として使用していた。１９４５年に米陸軍が接収し、７１年に米海軍へ移管され現在に至っている。

●貯油施設
　赤崎貯油所の総貯油量は１８万３０００キロリットルといわれている。施設の老朽化にともない、総貯油量を変えずに２８基あるタンクを１１基（６基の地上式及び５基の覆土式）に集約改修する工事が日本政府の「思いやり予算」１３５億円を使って行われた。

●ヘリポート
　佐世保基地唯一のヘリポートがある。2015年３月より米海兵隊オスプレイが頻繁の飛来するようになった。

新しく通行可能になった県道。奥の建物が医療用倉庫。

　米軍基地の存在そのものが地域住民や企業の発展にとって障害となっている。県道俵ケ浦日野線は道路幅が狭く、カーブが多いため道路改良は地域住民にとって懸案事項だが貯油所の敷地が改良工事を阻んできた。０５ 年４月、住民の長年の要求が実現して土地約１万３５００m²が返還され、新しい県道が開通した。ささやかな住民要求が実現するのにじつに１４年もの長い時間がかかっている。

正式返還となった赤崎貯油所の土地（門から向こう）

　一方、０９ 年３月、佐世保重工業（ＳＳＫ）に隣接する貯油所の敷地約３万１０００m²及び前面の制限水域約３万８０００m²が返還された。ＳＳＫ は１９７１年からこの土地を米軍の許可を受けて使用してきた（地位協定二条４項(a)）。工場や倉庫、クレーンなどを設置し、橋脚の組み立てや船舶設備工事などのために利用し、米軍に年間１５００ 万円支払っていた。米軍に優先使用権があって要求があれば明け渡さなければならないために、これまでに米軍とＳＳＫ の間で何度も衝突が起きていた。日本への返還はＳＳＫにとっては長年の悲願の１つであった。

●船越医療用倉庫

　一方、９１年に貯油所内の船越地区に、長さ１３６ｍ、幅６３ｍの超大型医療倉庫の建設が始まった。小学校のグラウンドがすっぽり入る大きさである。これは「米艦隊用の医療用機械器具の保管倉庫」で、中には各種医療薬品などのコンテナが収納されており、有事の際にはこの建物全体がそっくり野戦病院に転用されるといわれている。「思いやり予算」として１０億６５００万円が使われた。佐世保基地の役割を一変させた強襲揚陸艦ベローウッドが配備されたのはその８ヶ月後である。

　現在、このコンテナ群は医療設備を備えた強襲揚陸艦エセックスが海外に行くときに積み込まれるが、紛争地では野戦病院として利用される。海からの殴り込みをかける戦闘集団が、同時に味方が受ける激しい被害を想定して医療施設の機能を持ち合わせているのが、佐世保の強襲揚陸部隊の大きな特徴となっている。

●原子力潜水艦の寄港・支援基地
　赤崎岸壁には９６年１２月に「思いやり予算」で「アイアン・コールド」という、陸上から６万６０００ボルトの高圧電力、スチームなどを潜水艦に供給できる設備が完成した。その結果、これまで沖合ブイに係留していた原子力潜水艦は赤崎岸壁に接岸するようになり、９７年の原潜の入港回数は２３回と過去最高となり、その後の寄港回数も依然として多い状態が続いている。西太平洋の拠点としてグアムに米原潜部隊が前進配備されたことで佐世保はますます寄港地としての重要性が増すとみられる。

　「９・１１テロ事件」の直後、佐世保市は米海軍・外務省の要請を受けて、寄港通知のあった原潜の出入日時や関連情報の公表を当面取りやめることを決めた（横須賀市、沖縄県も）。１９６４年に米原潜シードラゴンが入港し、「２４時間事前通告」が始まって以来初めての出来事である。しかもテロ事件から７年以上も経過しているにもかかわらず現在でも解除されていない。この間の寄港はすでに１２０回を超え（０９年３月末）、ハワイ沖で米原潜グリーンビルが練習船えひめ丸を沈没させた事故があっただけに危険きわまりない事態が続いているのである。

●原潜ラ・ホーヤ火災事故と原子力防災
　佐世保市は０２年に原子力艦防災対策を策定し、防災訓練を実施している。しかし肝心の米軍は「事故はありえない」と参加を拒否し、赤崎岸壁へのモニタリングポスト（放射線測定器）設置もかたくなに認めなかった。外務省も米軍に追随して訓練に参加しなかった。

　ところが０４年７月２８日未明、寄港中の原潜ラ・ホーヤ（核攻撃能力認証済）がケーブル火災を起こすという前代未聞の事故が発生した。住民の通報で発覚したものだが、佐世保市が公表したとき、すでに原潜は出港した後だった。原因究明・再発防止の手だては全くとられていない。幸いにも「ボヤ」で済んだが、一歩間違えば大惨事にもなりかねない危険性が原潜にはあること、そしてそれが現実に起こりうることを事実として示した。

　０４年７月３０日、米軍は赤崎岸壁にモニタリングポストを設置することに合意した。赤崎貯油所の土地約１５０m²と佐世保海軍施設の水域約１５２m²を地位協定第２条４項(a)として文部科学省が共同使用することになる。あわせて外務省は０４年度の「原子力防災訓練」に参加することを表明した。米軍の姿勢が問われている。