プロローグ1
人類が、部品の交換で１０００年以上も生きられるようになった遥か未来・・・広大な宇宙の惑星間を結ぶ銀河鉄道が整備され、人々は銀河の果てまでその生活圏を広げていた。地球では、機械体になった”機械化人”の中に生身の人間の殺して楽しむものがいた。少年「星野鉄郎」は、ある日「機械伯爵」の人間狩りに遭い、母親を殺されてしまう。仇を討ちに機械伯爵の館に乗り込んだ鉄郎だったが、逆に機械伯爵の返り討ちにあってしまう。銃を突きつけられ絶体絶命の鉄郎を救ったのは、大きな帽子を深くかぶったマント姿の人物だった。メガロポリスのホテルで、謎の美女 「メーテル」に介抱され目を醒ました鉄郎は、再び機械伯爵の館に向かおうとする。しかしメーテルに、機械伯爵がもう地球にいないこと、そして、機械化人になるか、戦士の銃のような強力な銃を手にいれるしかないと聞かされ鉄郎は愕然」とする。そんな鉄郎にメーテルは、自分を一緒に連れて行ってくれれば、機械の体をただでもらえる星にいける 「銀河鉄道９９９」の乗車パスをあげるという。鉄郎は機械の体と、母親の仇の機械伯爵を求め、果てしない宇宙の旅立ちを決意した・・・