ISV-Kran
イヌイット社に所属している宇宙船で、ボーテックス・ライカースがナ・パリに墜落する数ヶ月前に、同じようにナ・パリへと墜落した。乗組員のほとんどはロシア人である。乗員はボーテックス・ライカースの乗組員と連絡を取り、合流を目指していたが、その望みは叶わず、スカーや野生動物によって全滅させられた。
船内は大きく分けて３つのブロックに分かれている。倉庫を中心としたデッキ４、エンジンなどの船の動力機関が存在するデッキ３と２、研究所や居住区が存在するデッキ１となる。デッキ１では、ブロッブの研究が行なわれていた。
UMS Vortex Rikers
UMS ボーテックス・ライカース
UMSに所属している囚人護送船。正式名称は「囚人護送船No.254」で、識別番号は「NC114-85EKLS」となる。刑務所を現す三本の鉄格子と、稲妻が組み合わさったシンボルを用いている。
主人公の囚人が遠く流刑の地に移送されるために乗っていたが、船はナ・パリの重力場に捕らえられて墜落する。墜落当初は主人公以外にもかなりの数の生き残りがいて、彼らはISV-Kranの乗組員と交信することに成功、合流を目指して行動していたが、最終的にはスカーをはじめとした異星人や野生動物によって、主人公以外は全員殺害されてしまう。
なお識別番号は、ゲームのレベルデザイナーであるJuan Pancho Eekelsの名前から付けられている。
Skaarj Mothership
スカー・マザーシップ
スカーたちの母船である巨大な船で、ナ・パリの火山の近くに着陸している。ナ・パリ侵攻の拠点である。スカーのエリートたちによって厳重に警備されている。
船内は非常に広大で、いくつかの区画に分かれているが、研究所がある区画では、スカーの強化実験やブロッブの研究が行われている。また最深部にはマザーがいて指揮を執っている。このマザーのいる最深部には、大気圏を離脱できる脱出ポッドが備えられている。
Terraniux
テラーニックス
マーセナリーたちの宇宙船で、ナ・パリのヘロベッド村近くに停泊していた。タリジウム鉱石採掘の前線基地の役割も果たしている。
船の上部には庭園があり、そこではナリ・ヒーリングフルーツなどが栽培されている。