銀河連邦
コスモ暦2003年に、各惑星の代表者たちが銀河の平和と安定のために設立した連邦政府。この銀河連邦によって異文化間の交流が活発化し、銀河は繁栄の時代を迎えた。だが同時に、惑星間の連絡船を襲うスペースパイレーツたちもその活動を活発化し、ことあるごとに銀河連邦軍や連邦警察と衝突を繰り返すこととなった。神出鬼没にして少数精鋭のスペースパイレーツに手を焼いた銀河連邦は、スペースパイレーツたちに賞金をかけ、バウンティハンターたちにスペースパイレーツを退治させることとした。
そして20X5年にメトロイド強奪事件が起こり、敵の本拠地がゼーベスであることを突き止めた連邦はゼーベスへと総攻撃をかけるも、スペースパイレーツの猛反撃に遭い作戦は失敗。そこで連邦はサムス・アランにスペースパイレーツ壊滅を依頼するのである。
スペースパイレーツ
銀河系全域で活動している宇宙海賊。マザーブレインを頂点としているが、実質上の総司令官はリドリーである。ゼーベスを本拠地に銀河系全域を荒らしまわり、銀河を混沌の時代へと追いやろうとしている。海賊とはいえ、鳥人族の技術を断片的に解析・利用しているため、その技術力は銀河連邦のものをも上回る。