クレイド
スペースパイレーツの幹部で、リドリーに次ぐ実力の持ち主。ツーリアンへの道を守護する役割も担っている。ただし知能はあまり高くないようである。腹部から発射される棘と、頭部から発射される角を武器としている。
サムス・アラン
シリーズ通しての主人公で、銀河最強とも謳われる凄腕のバウンティハンター。ゼーベスで鳥人族によって育てられ、鳥人族の遺産であるパワードスーツを受け継いだ。そのパワードスーツのとてつもないパワーと数々の特殊能力、そしてハンターとしての類稀な資質によって、数々の難事件を解決してきた。また人間の女性であるが、鳥人族の遺伝子を移植されているため、パワードスーツなしでも高い身体能力と環境適応能力を持っている。
これまでの数々の活躍の功績を買われ、銀河連邦の依頼でスペースパイレーツとメトロイドを撃滅するために、サムスは単身ゼーベスへと乗り込み、そこでスペースパイレーツと激しい戦いを繰り広げることとなる。
偽クレイド
クレイドの偽物、あるいは幼生と考えられているが詳細は不明。攻撃能力はクレイドによく似ているが、耐久力は低い。
マザーブレイン
スペースパイレーツを統率する機械生命体。その本体は名前の通り巨大な頭脳であり、元々は鳥人族たちが自分たちの生活のために作り出したものであったが、スペースパイレーツたちがゼーベスを襲撃した際に、銀河の繁栄のためにはスペースパイレーツ側に付いた方がいいと判断し、鳥人族を裏切ってスペースパイレーツの指導権を握った。
自分自身は動くことができないが、周囲の機械兵器を操ることで自らの身を守っている。またゼーベス全ての機械制御を行っている。
リドリー
スペースパイレーツの最高司令官。ツーリアンへの道を守護する役割も担っている。サムスの実の両親を殺害した仇であり、サムスとは因縁の関係にある。その姿は巨大な翼竜のようであり、飛行能力と高い機動力を持っている。残忍で好戦的な性格だが、知能も非常に高く、指揮官としても優秀である。また口から吐く火炎と、長い尻尾を武器としている。
なお初代メトロイドにおいては、マザーブレインに操られるゼーベスの原生動物という設定だった。