長崎市への原爆投下により、鳥居の半分が吹き飛んだまま現在も片側だけで立ち続ける「一本柱鳥居(二の鳥居)」、 同じく原爆の熱線により枯れ木同然となりながらも蘇生し、豊かな緑を茂らせている「被爆クスノキ」を有する神社です。 この被爆遺構を保存し、核兵器廃絶と世界の恒久平和実現を提唱しています。

1945年(昭和20年)8月9日の長崎市への原子爆弾投下により、爆心地から南東へ約800m離れた場所に建っていたこの二の鳥居は、 爆風により片側半分が吹き飛んでしまいました。
この鳥居が山王神社の二の鳥居として建てられたのは1924年(明治13年)の事です。 山王神社には一の鳥居から四の鳥居まで4つの鳥居がありましたが、原爆により一の鳥居と二の鳥居の半分を残し、後は倒壊しました。 一の鳥居はほぼ原型のまま残っていましたが、残念ながら1962年(昭和37年)に交通事故により倒壊しました。
この二の鳥居は爆風で笠石がねじまげられ、爆心側の左半分が吹き飛ばされたものの、奇跡的に右半分だけの一本柱の状態で残りました。
右半分だけで立つ二の鳥居の奥に、倒壊した左半分の鳥居が現存していて、 倒壊以前の写真と倒壊した部分の配置図が掲示してあります。

原爆投下の熱風により、枝葉は吹き飛び、幹は途中で折れて黒焦げになり枯れ木同然となりましたが、 爆心地と反対側にあたる樹木の裏側から新芽が吹きだし、次第に樹勢を盛りかえし枝葉を茂らしてきました。
「山王神社の大クス」として市指定天然記念物に指定されており、 胸高幹囲はそれぞれ8mと6mで、原爆により主幹の上部が折れた為樹高は10m程度であるが、 四方に張った枝は交差して一体となり東西40m、南北25mの大樹冠を形成しています。
2006年には台風13号の影響によりクスノキの枝が折れ、復旧作業中に幹の中から空洞が見つかり、その中から 原爆の爆風により入った物と思われる無数の石が発見されています。 クスノキの前にはその空洞から取りだされた大きな石が置かれ、原爆の威力を物語っています。

山王日吉神社(さんのうひよしじんじゃ)、浦上皇大神宮(うらかみこうだいじんぐう)とも呼ばれる。 1638年(寛永15年)、島原の乱の鎮圧のため長崎に赴いた松平信綱が、浦上街道(長崎街道の脇道)沿いのこの地を通りがかった際、 「景色が近江の比叡山に似ており、地名も坂本である。山王権現を観請してはどうか」と、 長崎代官の末次平蔵に語ったことから、創建されました。 創建当時は神仏混合の習慣により、「白厳山観音院円福寺」と称していましたが、明治維新の神仏分離令により、 「山王日吉神社」と改称しました。 その後里山地区に祀られていた浦上皇大神宮が台風被害で損壊し、浦上皇大神宮と日吉神社が合併し、県社になりました。
1945年(昭和20年)8月9日の長崎市への原子爆弾投下により、一の鳥居と参道の二の鳥居の半分を残し、社殿など全てが倒壊、焼失しました。 その後復興していきました。

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